Il principe Tamino è in fuga da un gigantesco serpente quando sviene. Lo salvano tre fate della Regina della Notte. La Regina gli mostra il ritratto di sua figlia Pamina, rapita dal malvagio Sarastro, e gli affida un flauto magico. Ma arrivato al palazzo di Sarastro, Tamino scopre che le cose non sono come sembrano: Sarastro è saggio e benevolo; è la Regina ad essere crudele e ambiziosa.

Sarastro propone a Tamino di superare prove iniziatiche per meritare Pamina e la saggezza. Pamina, convinta di essere rifiutata, è sul punto di suicidarsi. La Regina della Notte ordina a Pamina stessa di uccidere Sarastro con un pugnale — Pamina rifiuta. Papageno, che non ha nessuna intenzione di fare l'eroe, trova alla fine la sua Papagena.